Ledelsen af Statens Institut for Folkesundhed består af direktør Morten Hulvej Rod, instituttets forskningsledere og sekretariatschef.
Ledelsens opgave består af at sikre strategisk udvikling, sikre en målrettet prioritering, fremdrift og kvalitet af instituttets kerneopgaver, herunder at sikre, at instituttet drives ud fra de rammer, som universitetet, bevillingsgivere og myndigheder udstikker.
Ledelsens ansvar er endvidere at sikre rammerne for, at instituttet kan udføre sine kerneopgaver, og at prioritere og målrette ressourcer, sådan at instituttet fortsat er en attraktiv, dynamisk, produktiv og udviklingsorienteret arbejdsplads.
Morten Hulvej Rod er overordnet ansvarlig for den faglige ledelse af instituttet samt instituttets drift og udvikling.